Erbaut wurde die Margarethenkirche im frühen 12. Jh. von Graf von Arnstein. Obwohl er sie vermutlich zu seinem Eigenbedarf erbauen ließ, vereinnahmte Graf Ludwig III., der Stifter des Klosters Arnstein, die Margarethenkirche für sein Prämostratenserkloster. Damit war ihr späteres Schicksal zu Zeiten der Säkularisierung 1803 besiegelt, obwohl sie immer Pfarrkirche blieb. Als das Kloster zum Abbruch verkauft wurde, war damit auch die Margarethenkirche zum Abbruch freigegeben, denn die eigentliche Klosterkirche wurde zur Pfarrkirche der Gemeinde Seelbach.
1946 kaufte das Land Rheinland-Pfalz die Ruine der Margarethenkirche. Ab 1987 steht sie unter der Schlösserverwaltung, die von 1990 bis 1992 bauarchäologische Untersuchungen sowie eine bauliche Sicherung des Baubestands vornahm.
Den Untersuchungen zufolge besteht die Kirche, die im Inneren ein Nebenschiff, einen rechteckigen Chor und eine Westempore hatte, aus Schiefermauerwerk. Unter dem Chor befindet sich eine Gruft, die allerdings verschüttet ist. Die nördliche und südliche Außenmauer der Kirche ist bis zum Dach erhalten und stammt noch aus der Erbauungszeit. Das Portal, das Obergadenfenster sowie das untere vermauerte und das obere Rundfenster sind Reste großer Umbauarbeiten aus dem 17. und 18. Jh.
Quelle
Staatliche Burgen, Schlösser und Altertümer in Rheinland-Pfalz. Hrsg. von Landesamt für Denkmalpflege, Burgen, Schlösser, Altertümer Rheinland-Pfalz. Koblenz 2003 (Heft 7). S. 24 f.