Günter Kern ist am 18. August 1956 in Weisel, im Rhein-Lahn-Kreis geboren. Der Staatssekretär ist verheiratet und hat drei Kinder. 

Dem Schulabschluss 1973 folgte eine Verwaltungslehre in der Verbandsgemeindeverwaltung Loreley, der er eine Ausbildung im gehobenen Dienst mit der Laufbahnprüfung an der Verwaltungsfachhochschule in Mayen anschloss. 1982 erhielt Kern sein Verwaltungsdiplom an der Verwaltungs- und Wirtschaftsakademie in Koblenz.

In der kommunalen Politik bewegte sich Kern zunächst von 1991 bis 2003 als Bürgermeister der Verbandsgemeinde Loreley. Anschließend lenkte er von 2003 bis 2014 als Landrat die Geschicke des Rhein-Lahn-Kreises.

Im Februar 2014 wurde Günter Kern zum Staatsekretär berufen. Der Amtschef betreut im Innenministerium die Themen Kommunales und Sport, Landesplanung und ist zuständig für die rheinland-pfälzische Polizei.

Als ehemaliger aktiver Faustballer, Turner, Fußballer und Leichtathlet setzt sich Kern als Vizepräsident des Turnverbandes Mittelrhein für den Sport ein.