Die Orgelfrage war von Anfang an in die Planungen der 1996 begonnen großen Domrestaurierung einbezogen. Durch Vermittlung von Bundeskanzler Dr. Helmut Kohl stellte die Unternehmerfamilie Quandt der „Europäischen Stiftung Kaiserdom zu Speyer“ eine große Spende für das Orgelprojekt zur Verfügung. So konnte Ende 2005 die Orgelbaukommission ihre Arbeit beginnen, mit dem Ziel die Orgelsituation im Dom grundlegend zu verbessern.
Nach Abwägung aller technischen und künstlerischen Aspekte sah man den Neubau zweier Instrumente als einzige dem Dom angemessene Lösung. Im Jahr 2008 wurde die Orgel auf dem Königschor fertig gestellt, drei Jahre später die große Orgel auf der Westempore. Erbauer beider Instrumente ist die 1885 gegründete Orgelbauwerkstatt Romanus Seifert & Sohn aus Kevelaer (Niederrhein).