L’orgue situé au-dessus du chœur royal a été consacré le 22 novembre 2008, le jour de la Sainte Cécile. Il se trouve dans la deuxième arcade du nord de la grande nef de la cathédrale, avant la croisée, donc pratiquement à la moitié des 110 mètres de longueur de la cathédrale. Sa façade frontale de 13 mètres de haut en bois de chêne du Palatinat s’intègre harmonieusement dans le cadre formé par les piliers, c’est la raison pour laquelle il n’est pas visible de la nef centrale. Mais, par contre, le buffet d’orgue, lui, forme une avancée avec sa façade arrière sonore qui est visible de la nef latérale côté nord et permet ainsi un rayonnement sonore optimal dans tout l’espace de l’église. Convenant à la simplicité romane, la façade possède une forme de langage décent et les surfaces du buffet d’orgue ont été crépies au racloir à la main.
La sonorité de l’orgue a été conçue pour être variée et ne s’oriente pas à un modèle précis, comme cela a pu autrefois être le cas dans la Cathédrale de Spire. Pas d’historisme, mais des révérences faites à certaines époques de l’histoire de la construction de l’orgue ; des éléments extérieurs déterminaient leur planification et leur construction, comme par exemple les influences des paysages culturels environnants, l’acoustique des pièces ainsi que les tâches à remplir par les instruments lors des services religieux et des concerts d’église.
Les caractéristiques d’un grand orgue à un seul clavier issu de la facture d’orgues classiques du Palatinat ont servit de modèles à la disposition des jeux dans le Grand Orgue et le Positif. Ce qu’il y a par exemple de typique ici, c’est la double interprétation du registre du Salicional qui ne possède pas l’élégance des voix de instruments à cordes français, mais un langage sonore âpre– se situant entre la flûte et les instruments à corde. Le proche voisinage de la France laissa ses empreintes dans la sonorité du Récit expressif : l’esthétique des orgues de François Callinet (Alsace) et d’Aristide Cavaillé-Coll a été reprise et développée. Un système ingénieux de volets à guidage individuel ou combiné des faces frontales, latérales et supérieures du buffet permet un fin réglage de la dynamique dans la grande acoustique de la Cathédrale impériale.
Les principes classiques de la facture d’orgues du sud de l’Allemagne et de France caractérisent de façon primordiale le timbre sonore : quatre différentes voix labiales de 8 pieds (principal, flûte, cordes, Gedeckt), trois voix de 4 pieds (octave, flûte et un registre de forme conique) ainsi que des voix aliquotes françaises, cornet, mixtures et anches de construction française.
L’instrument à 3 claviers est de construction massive d’artisanat d’art, telle que la manufacture Seifert les fabrique en s’orientant sur les modèles du XVIIIème siècle, sans toutefois renoncer aux acquis des temps modernes. Ainsi, un système numérique Bussy a été intégré afin de pouvoir jouer également depuis la console du nouvel orgue principal situé sur le balcon ouest, et de commander la traction électrique des jeux ainsi que la Setzerkombination. Il en résulte ainsi de nombreuses possibilités supplémentaires d’utilisation pour la pratique des organistes.
Une particularité de l’orgue du chœur royal sont les cinq jeux de « ton moyen » qui forment une œuvre indépendante dans l’instrument. Il y a ainsi possibilité de pouvoir reproduire authentiquement la musique traditionnelle d’église embrassant de nombreux siècles (dans la Cathédrale de Spire).
En s’inspirant du jeu principal comme sonorité d’origine de l’orgue comme instrument de musique et en liaison avec le retour à l’idée d’une œuvre en bloc gothique, les tuyaux de tonalité moyenne sont été fabriqués avec un métal pour orgue constitué de 82% de plomb selon les modèles historiques. Les travaux du projet d'orgue de John-Cage furent une expérience importante pour les facteurs d’orgues car il leur fut nécessaire de se confronter à l’orgue gothique décrit par Michael Praetorius dans la Cathédrale de Halberstadt (Nicolaus Faber 1361).
Les accords de tonalité moyenne avec des tierces purement accordées fut d’usage pendant huit siècles dans la construction de l’orgue et étaient surtout appropriés à la concomitance avec la musique vocale dans les tonalités d’église et pour les auditions des chorales au début de la période du baroque et pendant le haut baroque. Ce type de voix est également idéal pour l’intonation et l’accompagnement des chants d’église dans les tonalités courantes.
La caractéristique principale de la tonalité moyenne sont des grandes tierces purement accordées, au détriment d’autres intervalles. Dans le type de tonalité moyenne, il n’y a pas de confusion enharmonique parce que chaque tonalité sur l’échelle des sons est déterminée de façon claire. Ainsi, un fa dièse ne peut être interprété comme un sol bémol.
Die répartition sur le clavier a été réalisé avec un réel « octave court »sans touches supérieures partagées. L’ « octave court » sert à saisir les sons graves ; il manque les sons do dièse, ré dièse, fa dièse et sol bémol. En tirant sur les blocs de touches des claviers I et II, le chemin pour appuyer sur les touches peut être raccourci. Cela permet de jouer d’une manière particulièrement fine, telle que l’interprétation des œuvres de la musique ancienne l’exige.